Argentina terminó en el segundo lugar de su respectivo grupo con seis puntos, enfrentando a Brasil en los cuartos de final el 11 de julio de 1999. Riquelme jugó el partido que terminó en derrota para Argentina 2-1, habiendo estado al frente 1-0 hasta el minuto 32 del partido. Riquelme fue incluido en el equipo argentino de 22 hombres para la Copa América 1999 en Paraguay, vistiendo la camiseta número 22. Fue uno de los seis jugadores de Boca Juniors seleccionados en el equipo.